– توجه الى المسلك الباطني العرفاني وتتلمذ على يد العارف الرباني المرجع الديني الشهيد آية الله العظمى السيد محمد محمد صادق الصدر(قدس) حتى بلغ مقام المشيخة العرفانية، ثم أجازه استاذهُ في تربية غيره عملياً، فكان (قدس) يرسل اليه طلاب الكمال لأجل تربيتهم، ثقة منه و شهادة بعلم ومكانة الشيخ الخفاجي .

– ذاع صيته بعد ان القى محاضرات اخلاقية وعرفانية عامة في مسجد صافي الصفا قرب ضريح الامام علي (ع) في العام (١٩٩٥-١٩٩٦) واصبح مريدوه من طلاب الكمال بالآلاف، الأمر الذي أدى الى تخوف الحكومة آنذاك من انتشاره وتعاظم أمره، فضيقوا عليه الخناق واعتقلوا مجموعة من مريديه ثم اعتقلوه شخصيا بعد ذلك بفترة، نُقل على اثرها الى أكثر من سجن، وبعد إطلاق سراحه اشار عليه استاذه السيد الصدر (قدس) بالخروج من العراق، فسافر الى الاردن ومنها انتقل الى سوريا عام (١٩٩٨) واستقر فيها .

ــ عاد الى العراق في العام (٢٠٠٤) بعد الاحتلال وسقوط النظام الحاكم، ثم عاد الى حياته الاجتماعية والعلمية من خلال درسه وتدريسه في الحوزة، فحضر درس البحث الخارج  لآية الله الشيخ محمد السند، وبحث آية الله علي الاكبر الحائري، وحضر بعض دروس بحث آية الله الشيخ اسحاق الفياض .

وألقى دروس في الفقه، والأصول، والفلسفة، والأخلاق، وتفسير القرآن، وعلم الايمان، وفتح باباً للتربية الاخلاقية و العرفانية .

نظرياته وآرائه العلمية :

ــ نظرية الرقي المرتبي في علم الاخلاق وملخصها :

 ( ان العلاج المتبع من قبل اسلافنا من علماء الاخلاق انما هو علاج للأعراض وليس لأصل المرض لذلك يبرز المرض حينما يتعرض صاحبه لمحك حقيقي)

فكان علماء الاخلاق السابقين يعالجون الامراض الاخلاقية بإيتاء الضد منها والمواظبة على ذلك، اما نظريته فان العلاج بالضد يجعل من الرذيلة تختبئ ولا تغادر، والواجب هو العمل على الخروج من تلك المرتبة وما يلازمها، إذ لكل مرتبة ما يناسبها من الفضائل والرذائل، وتجاوز الفرد لمرتبة ما، هو تجاوز لما يصاحبها من امراض.

ــ جعل لمفهوم الايمان علماً مستقلاً ووضع له قواعد وأسُس ومناهج تطبيقية سطرها في كتابه الموسوم بـ( قواعد الايمان من بين يدي القرآن).

ــ ان لعلم الاخلاق في فكر الشيخ الخفاجي غاية في بلوغ الاخلاق الإلهية العليا الكامنة وراء الصفات الإلهية، ولذا فإن الأخلاق البشرية ما هي إلّا منطلق لبلوغ الأخلاق الإلهية وان كانت مغايرة كُلياً للأخلاق البشرية، فمن لم يتحقق في عالم الأخلاق الإلهية يصعب عليه التعامل مع الله تعالى بل سيدخل في متناقضات تدفعه للكثير من التقديرات الخاطئة والاحتمالات القاصرة .

فعمد الشيخ الخفاجي الى تقسيم علم الأخلاق اجمالاً الى ثلاث مراتب:

(مرتبة الأخلاق الدنيا / مرتبة الأخلاق الوسطى / مرتبة الأخلاق العليا ).

ولكل مرتبة ما يناسبها من مسيرة التخلي والتحلي والتجريد والتكميل حتى بلوغ واستحقاق المرتبة التي تليها .

– تأسيس مدرسة فكرية في الأخلاق الإلهية، وانطلاقهُ نحو توحيد الأديان وإلتقائها في بعض حقول المعرفة، فكتب شروحات باطنية لبعض آيات الإنجيل، وانتسب الى مدرسته الأخلاقية الكثير من الطلبة من ديانات ومذاهب مختلفة كالمسيحيين، والصابئة، والبكتاشية، والإيزيدية بالإضافة الى المسلمين سنة وشيعة، واستطاع ان يوحدهم بمنهج اخلاقي تصاعدي واحد.

المؤلفات والاثار العلمية :

للشيخ الخفاجي العديد من الآثار الفكرية، والمعرفية، والعلمية يمكن تلخيصها في الاتي:

١– فيوضات من الباطن – الجزء الاول (مطبوع – ٢٠١٠).

٢ـ فيوضات من الباطن – الجزء الثاني ( مخطوط ).

٣– قواعد الايمان من بين يدي القران (مطبوع – ٢٠٠٩).

٤– ومضات تربوية (مطبوع – ٢٠١٨).

٥– العمل في ساحة الحق ( مطبوع  ـ ٢٠٢٠)

٦– الطاف الرحمن في بيان مستويات القران (مخطوط).

٧– خمسة اسطر (مطبوع – ٢٠١٦ )

٨– الوجدان (مخطوط).

٩– رسالة في الكلمة (مخطوط).

١٠– الصدر الشهيد لمن القى السمع وهو شهيد (طبع الجزء الاول والثاني – ٢٠٠٦).

١١– شرح الحقيقة (مخطوط).

١٢– النفس والعقل( مخطوط).

١٣ ـ رسالة في سياسة المنزل (مطبوع ـ 2021)

١٤ ـ نفحات من أنفاس أمير المؤمنين ( مطبوع – ٢٠١٩)

15ـ الجواب ( مطبوع ـ 2024)

وغيرها الكثير من الابحاث المخطوطة قيد التدقيق والتحقيق.

–  كتب سماحته مجموعة كبيرة من الابحاث والمقالات التربوية، والاخلاقية، والثقافية نشر بعض منها في الصحف والمجلات كصحيفة (الزوراء) العراقية وصحيفة (البينة الجديدة) والبعض الآخر نشر في عدة وكالات ومواقع الكترونية،  كما كتب مجموعة من الوصايا والنصائح التربوية والاجتماعية الموجهة الى مختلف شرائح المجتمع، بإلاضافة الى مجموعة من المحاضرات الصوتية والمرئية في التنمية البشرية، و البناء الإنساني اغلبها منشور في مواقع الإنترنت.

النشاطات الانسانية:

ــ توجه الشيخ الخفاجي الى العمل الانساني في فترة ظهور داعش الارهابي في العراق، فلم يألُ جهداً ولم يدخر وسعاً في مساعدة ابناء شعبنا الأبي، والمسارعة في مد يد العون لكل محتاج على الصعيدين المادي والمعنوي، فاثمرت تلك الجهود عن تأسيس (منظمة نور السماء الانسانية) .

باشرت تلك المنظمة برئاسة الشيخ الخفاجي الى تأسيس فرق تطوعية جوالة للعمل في مخيمات النازحين في الموصل، بتوفير الغذاء والدواء والملابس، واعداد برامج ومحاضرات وعقد ندوات فكرية لإزالة الآثار الهدامة التي خلفها داعش الارهابية.

ثم ازدهر هذا العطاء واصبح للمنظمة فروع عدة في بغداد والموصل وبابل وذي قار والمقر الرئيسي في النجف الاشرف.

ومازالت تلك الجهود مستمرة في مساعدة العوائل المتعففة، وايصال مناشداتهم ومعاناتهم الى الجهات المعنية.